622년에 자장이 창건하여 능인암(能仁庵)이라 하였으며 698년에 불타버렸다.
701년 의상(義湘)이 이곳에 선정사를 짓고 아미타삼존상을 봉안하였으나 1642년 다시 소실되었다. 그 뒤 용암(龍巖)이 중창하여 내원암으로 개칭하였고 1860년 화재로 불타자 혜봉(慧峰)이 중건했다.
현대 남아 있는 당우로는 법당과 요사채가 있다.
강원도 속초시 설악동 신흥사의 부속암자.
